Shiki 99 đã được đưa vào sử dụng từ năm 1939. Nó được thấy tác chiến bên cạnh các loại súng máy Shiki 11 và Shiki 96, vì các loại súng này đã được sản xuất với số lượng rất lớn và cũng do rất nhiều đội quân trên chiến tuyến vẫn sử dụng súng trường Shiki 38 và loại đạn 6,5 mm của chúng. Cả ba loại súng máy đều vẫn được sử dụng cho đến khi Nhật Bản đầu hàng.